Cuando un usuario no tiene privilegios para usar el puerto serie con Processing es necesario ejecutar un script que te proporciona el propio Processing que está en Tools->Fix Serial Library. Esta opción lo único que hace es ejecutar una llamada a osascript para que ejecute un applescript que a su vez va a crear un directorio en la raíz y le va a conceder todos los permisos. Como el usuario no tiene permisos para ello no puede hacerlo. Así que a través de Apple Remote Desktop o mediante la herramienta cssh podéis mandar el siguiente comando a todas las máquinas:
mkdir -p /var/lock && chmod 777 /var/lock
Gracias al código fuente de processing he podido ver lo que hacía el script para adaptar el proceso a mis necesidades. Y ahorrarme el tedioso trabajo de ir una a una cada máquina para poner solo el root y el password.
Se ha probado con la versión 2.08b